Эта игра является продолжением приключений принца, которые ему пришлось пережить в Prince of Persia: The Sands of Time.

В этой части принц оказывается в роли жертвы Dahaka, бессмертного воплощения Судьбы, ищущей возможности возмездия юному Персу. Принцу предначертана скорая смерть, и он вступает в схватку с судьбой. В ходе своего путешествия он оказывается в зараженном сердце проклятого острова, в замке, в котором сосредоточены все человеческие страхи.
Только лицо королевской крови, к тому же, обладающее незаурядным арсеналом вооружения, боевых приемов и комбо, сможет разрушить злые чары и, изменив свою судьбу, принести освобождение человечеству.